W latach 1722-26, z fundacji biskupa Krzysztofa ze Słupowa, Szembeka został dobudowany od strony wschodniej dwukondygnacyjny budynek klasztoru franciszkanów z charakterystycznym czworobocznym wirydarzem, otoczonym arkadowymi krużgankami z wejściami do zakonnych cel. Pomieszczenia na piętrze, gdzie znajduje się m.in. pomieszczenie poświęcone fundatorowi klasztoru, zamieszkującego tu w 1733 r., posiadają bogaty wystrój dopełniony późnobarokowymi stiukami.

Zarówno kościół, jak i klasztor noszą wyraźne akcenty stylu barokowego, tak w elewacjach, jak w wystroju wnętrz. Główny ołtarz, ozdobiony popiersiem wyobrażającym Boga Ojca w obłokach, rzeźbami aniołów i świętych pochodzi z ok. 1740 r. Przed prezbiterium znajdują się dwa barokowe ołtarze pochodzące z ok. 1740 r. z pięknymi obrazami Matki Bożej Niepokalanie Poczętej, św. Jakuba Starszego i św. Onufrego. Z ok. 1730 r. pochodzi sześć eksponowanych we wnękach, późnobarokowych ołtarzy. Z tego samego okresu pochodzi ołtarz Chrystusa Ukrzyżowanego, natomiast z II połowy XVII w. zachował się wczesnobarokowy ołtarz Matki Bożej Różańcowej z Dzieciątkiem i św. Franciszka oraz Zwiastowania. Również z tego samego okresu zachowało się wiele elementów cennego wyposażenia (Barokowa ambona z baldachimem i rzeźbami aniołków, organy, chrzcielnica, feretrony procesyjne z obrazami stygmatyzacji św. Franciszka, św Rodziny…). Do cennych zabytków sztuki złotniczej należy zaliczyć zachowane piękne naczynia liturgiczne.

Obecna bryła kompleksu sakralnego powstała na miejscu rozebranej drewnianej świątyni, wystawionej przez biskupa kujawskiego Pawła Wołudzkiego po 1620 roku, w dowód pamięci objawienia św. Anny i na pamiątkę doznawanych dzięki niej wielu cudów. Biskup Maciej Łubiński oddał nadzór kościoła franciszkanom, sprowadzonym z Piotrkowa do Smardzewic w roku 1639, dobudowując w tym czasie drewniany budynek klasztorny. U źródeł powstania w tym miejscu kościoła wraz z klasztorem kryje się w kronice parafialnej tejże świątyni przekaz o brzemiennym w skutkach wydarzeniu.

Otóż właśnie w 1620 roku, jednemu z włościan smardzewickich ukazała się św. Anna wskazując, aby miejsce objawienia, jej poświęcone, naznaczone było wielkimi cudami. Na znak czci w tym miejscu mieszkańcy wsi wystawili, do dziś stojący, dębowy krzyż. A niebawem wdzięczni za doznane cuda wybudowali niewielką, drewnianą kapliczkę. Obecnie stoi tu z pietyzmem zachowana, wymurowana kapliczka, dokumentująca tajemnicę zdarzenia a obok niej zrekonstruowany niedawno dębowy krzyż. To właśnie tuż obok, przenosząc niejako świętość tego miejsca, urosła świątynia roztaczająca nie tylko po okolicy, ale daleko poza jej granicę, sławę cudownych zjawisk. Przyjmowała przez wieki wielu pielgrzymów doznających łaski uzdrowień i pociechy w życiowych dramatach. Tą atmosferę wzniosłości, świętości i niezwykłości miejsca można poczuć i dzisiaj.